L’histoire nous emmène au côté de Daimon Kaito, un lycéen passionné par les puzzles. Un jour, le président du conseil des étudiants lui donne un appareil qui le conduit dans les sous-sols de l’école. Il le défie de résoudre un puzzle ancien à la complexité hors du commun, caché dans ces ruines. L’analyse de Kaito lui permet de venir à bout de cette équation mais en résolvant ce puzzle ancien, il en découvre son histoire et celle de la société de l’ombre, "POG"(Puzzle of God). Commence alors pour Kaito, sa petite amie et son camarade de classe, un combat contre une organisation plus puissante qu’ils ne l’auraient imaginé.